从花色上分:牡丹可分红、黄、绿、黑、白、紫、蓝、粉、复色九大色系,在每个色系里又分很多种类,这是最容易分别的。如‘胡红’一看就晓得是红色,‘昆山夜光’是白色,‘黑花魁’是黑色,‘花二乔’和‘岛锦’有两种颜色,故为复色。 从香型上分:普通单瓣或层次少的香味浓,白色牡丹多香,紫色更重,黄蓝幽香,“嗅其香便知其花”。
从叶片鉴别:牡丹是2回3出复叶。因种类不同,叶片呈现的外形、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如‘大胡红’叶大,圆而肥厚,叶面多平展。‘墨洒金’叶形大而长,但小叶狭长,质地薄,稠密微下垂。‘豆绿’叶背有一层白绒毛。
从枝干区分:经过株形和分株方式来区别牡丹种类。依株形可分为直立型、半展开型、展开型;依分株方式可分单枝型和丛枝型。
从芽上辨认:不同牡丹种类,其芽形与芽色不同。‘二乔’的芽尖而圆;‘青龙卧墨池’的芽尖而带钩,好似鹰嘴;‘脂红’的芽为绿色。
从果实辨认:坚固力强,心皮呈开张轮状辐射排列的种类,多为单瓣和半重瓣种类,如‘似何莲’等。坚固率低,果实簇生,多为重瓣种类,如‘首案红’、‘胡红’等。 从根分辨:根部可作辨别牡丹种类的辅助手腕。如‘樱落宝珠’无明显主根,多呈疏松状;‘首案红’的根紫红色。